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Un atlas del cáncer para predecir cómo les irá a los pacientes
Comprender los cambios genéticos en los tumores que distinguen los cánceres más letales de los más benignos podría ayudar a los médicos a tratar mejor a los pacientes.
Hoy, investigadores suecos lanzan un nuevo catálogo de acceso abierto que mapea muchos de esos cambios genéticos. Este atlas vincula miles de genes específicos implicados en numerosos tipos de cáncer con la supervivencia de los pacientes y también revela nuevos objetivos farmacológicos potenciales.
El nuevo atlas es uno de varios esfuerzos en curso para dar sentido a los datos recopilados por bases de datos públicas, como el Atlas del Genoma del Cáncer del Instituto Nacional del Cáncer, que actúan como repositorios de muestras de tumores. El objetivo es recopilar información práctica, como marcadores de enfermedades, que pueda usarse para desarrollar medicamentos y diagnósticos contra el cáncer.
Para generar el atlas, los investigadores dirigidos por Mathias Uhlén, profesor de microbiología en el Instituto Real de Tecnología de Suecia, utilizaron una supercomputadora para analizar 17 tipos principales de cánceres humanos de casi 8000 muestras de tumores. Uhlén dice que su equipo estaba buscando cambios holísticos en todo el genoma causados por estas mutaciones.
Luego mapearon todos los genes que se encuentran en esas células cancerosas para descubrir cómo las proteínas producidas por estos genes afectan la supervivencia del paciente. Los genes llevan instrucciones para producir proteínas, y el nivel de expresión génica aumenta o disminuye la cantidad de proteína que producen los genes. Estas proteínas resultantes pueden influir dramáticamente en procesos biológicos como el cáncer.
Los investigadores observaron que los niveles de proteínas en diferentes tipos de cáncer variaban ampliamente, lo que refuerza la necesidad de un tratamiento oncológico personalizado basado en las características únicas del tumor de un paciente, dicen.
Los investigadores encontraron que más de 2000 genes tenían efectos variables en la supervivencia de un paciente según el tipo de cáncer y la ubicación del tumor en el cuerpo. En algunos casos, los genes que se expresaron más se asociaron con mejores resultados para los pacientes, y otros predijeron peores perspectivas para los pacientes. Los resultados se detallan hoy en el diario Ciencias .
Uhlén y su equipo identificaron otro conjunto de más de 2000 genes que potencialmente podrían matar el crecimiento tumoral, pero dicen que afectar a la mayoría de esos objetivos con medicamentos probablemente tendría efectos secundarios graves para los pacientes. De ellos, predicen que 32 genes que se encuentran en más del 80 por ciento de los tumores, independientemente del tipo de cáncer, representan objetivos farmacológicos.
Previamente, los investigadores se han centrado en usar la secuenciación del ADN para identificar mutaciones genéticas involucradas en el cáncer. Para hacer este nuevo atlas, los científicos utilizaron la secuenciación del ARN para comprender cómo cambian los genes cuando se ven afectados por el cáncer.
John Leite, vicepresidente de oncología de la compañía de secuenciación de genes Illumina, dice que se necesitará mucha información biológica para comprender los mecanismos subyacentes que impulsan la formación del cáncer y, en última instancia, permitir que los investigadores y médicos pronostiquen las mejores opciones de terapia para los pacientes. Ahí es donde este nuevo atlas podría ayudar.
Nicolas Robine, subdirector de biología computacional en el Centro del Genoma de Nueva York, dice que el atlas será un recurso útil para los investigadores, pero dijo que no puede proporcionar una respuesta automática y definitiva a los médicos que se preguntan cómo progresará el cáncer de un paciente. No es como si conectaras tu perfil de expresión y te dijera si tienes un resultado mejor o peor.
El atlas es parte de un programa sueco iniciado en 2003 con el objetivo de mapear todas las proteínas humanas producidas por unos 20.000 o más genes del cuerpo.