Tres preguntas para J. Craig Venter

El científico y empresario del genoma J. Craig Venter es mejor conocido por ser la primera persona en secuenciar su propio genoma, allá por 2001.

Este año, creó una nueva empresa, Human Longevity, que tiene la intención de secuenciar un millón de genomas humanos para 2020 y, en última instancia, ofrecer programas basados ​​en la web para ayudar a las personas a almacenar y comprender sus datos genéticos (ver Microbios y metabolitos alimentan un ambicioso proyecto de envejecimiento). .

J. Craig Venter

Venter dice que hasta ahora ha secuenciado los genomas de 500 personas, y que los voluntarios también están comenzando a someterse a una serie de pruebas que miden su fuerza, el tamaño del cerebro, la cantidad de sangre que bombea su corazón y, dice Venter, casi todo lo que se puede medir sobre una persona, sin abrirlos. Esta información se introducirá en una base de datos que se puede utilizar para descubrir vínculos entre los genes y estos rasgos, así como la enfermedad.

Pero eso requerirá un procesamiento masivo de datos. Para obtener estas habilidades, Venter reclutó franz och , el especialista en aprendizaje automático líder en Google Translate. Ahora, Och aplicará métodos similares para estudiar genomas en una tienda de software y ciencia de datos que Venter está estableciendo en Mountain View, California.

La contratación se produce justo cuando el propio Google ha lanzado un esfuerzo similar para comenzar a recopilar datos biomédicos (ver ¿Cuánto vale un tiro a la luna en estos días?). Venter llama a los planes de Google para una base de datos biomédica un pequeño paso, una versión mucho más pequeña de lo que estamos haciendo.

Lo que está claro es que la investigación del genoma y la ciencia de datos se están uniendo de nuevas maneras y a una escala mucho mayor que nunca. Le preguntamos a Venter por qué.

¿Cómo vamos en genómica?

En mi opinión no ha habido un número significativo de avances. Una de las razones es que la genómica sigue una ley de números muy grandes. He tenido mi genoma durante 15 años y no hay mucho que pueda aprender porque no hay muchos otros con los que compararlo.

¿Por qué contrató a un experto en traducción automática como su principal científico de datos?

Hasta ahora, no ha habido un software para comparar mi genoma con el tuyo, y mucho menos con un millón de genomas. Queremos llegar a un punto en el que lleve unos segundos comparar su genoma con todos los demás. Tomará mucho trabajo hacer eso.

Google Translate comenzó como un algoritmo lento que tardaba horas o días en ejecutarse y no era muy preciso. Pero Franz [Och] creó una versión de aprendizaje automático que podía salir a la Web y encontrar todos los artículos traducidos del alemán al inglés o viceversa, y aprender de ellos. Y luego se optimizó, por lo que funciona en milisegundos.

Convencí a Franz, y él se convenció a sí mismo, de que comprender el genoma humano a la escala en la que estamos tratando de hacerlo será uno de los mayores desafíos de traducción de la historia.

¿En qué se parece el descubrimiento de la conexión entre los genes y la enfermedad a la traducción de idiomas?

Todo en una célula deriva de tu código de ADN, todas las proteínas, su estructura, ya sea que duren segundos o días. Todo eso está preprogramado en el lenguaje del ADN. Entonces se traduce en vida. La gente se va a sorprender mucho de lo mucho que somos como una especie de software de ADN.

esconder