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Las bases de datos de ADN son demasiado blancas. Este hombre pretende arreglar eso.
La búsqueda de variaciones genéticas entre poblaciones de Carlos D. Bustamante debería ayudarnos a comprender y tratar mejor las enfermedades.
15 de octubre de 2018
Foto de Carlos D. Bustamante
En los 15 años transcurridos desde que el Proyecto Genoma Humano expuso por primera vez nuestro modelo de ADN, se han recopilado grandes cantidades de datos genéticos de millones de personas en muchas partes diferentes del mundo. El trabajo de Carlos D. Bustamante es buscar en esos datos genéticos pistas sobre todo, desde la historia antigua y los patrones de migración humana hasta las razones por las que las personas con diferentes ancestros son tan variadas en su respuesta a enfermedades comunes.
La carrera de Bustamante ha abarcado aproximadamente el período desde que se completó el Proyecto Genoma Humano. Profesor de genética y ciencia de datos biomédicos en Stanford y ganador de un premio de genio MacArthur en 2010, ha ayudado a desentrañar la compleja variación genética entre diferentes poblaciones. Estas variantes significan que las causas de las enfermedades pueden variar mucho entre grupos. Parte de la motivación de Bustamante, quien nació en Venezuela y se mudó a los EE. UU. cuando tenía siete años, es usar esos conocimientos para disminuir las disparidades médicas que aún nos aquejan.
Esta historia fue parte de nuestra edición de noviembre de 2018
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Pero si bien es un área llena de potencial para mejorar la medicina, también está plagada de controversias sobre cómo interpretar las diferencias genéticas entre las poblaciones humanas. En una era todavía obsesionada con la raza y la etnia, y estropeada por el frecuente mal uso de la ciencia para definir las características de los diferentes grupos, Bustamante no se desanima en la búsqueda de las diferencias genéticas matizadas que muestran estos grupos.
Tal vez su optimismo se deba a su personalidad: pocas frases pasan sin un fantástico o extraordinariamente emocionante. Pero también es su reconocimiento como genetista de poblaciones de la increíble oportunidad que presenta la comprensión de las diferencias en los genomas humanos para mejorar la salud y combatir las enfermedades.
David Rotman, Revisión de tecnología del MIT El editor en general discutió con Bustamante por qué es tan importante incluir a más personas en los estudios genéticos y comprender la genética de las diferentes poblaciones.
¿Qué tan buenos somos para asegurarnos de que los datos genómicos que recopilamos sean inclusivos?
Soy optimista, pero aún no está allí.
En nuestro artículo de 2011, la estadística que teníamos era que más del 96 % de los participantes en los estudios de asociación del genoma completo eran de ascendencia europea. En el seguimiento de 2016, la cifra pasó del 96 % a alrededor del 80 %. Así que eso está mejorando. Desafortunadamente, o quizás afortunadamente, mucho de eso se debe a la entrada de China en la genética. Mucho de eso se debió a estudios a gran escala en poblaciones chinas y de Asia oriental. Los hispanos, por ejemplo, representan menos del 1% de los estudios de asociación de todo el genoma. Así que tenemos que hacerlo mejor. En última instancia, queremos que la medicina de precisión beneficie a todos.
Aparte de un problema de equidad, ¿por qué es importante la diversidad en los datos genómicos? ¿Qué extrañamos sin él?
En primer lugar, no tiene nada que ver con la corrección política. Tiene todo que ver con la biología humana y el hecho de que las poblaciones humanas y la gran diáspora de las migraciones humanas han dejado su huella en el genoma humano. Los fundamentos genéticos de la salud y la enfermedad tienen componentes compartidos entre las poblaciones humanas y cosas que son exclusivas de las diferentes poblaciones.
¿Cómo se desarrolla eso?
La diabetes es un gran ejemplo. Si observamos la genética de la diabetes, son diferentes en diferentes partes del mundo. A principios de la década de 2010, el Broad [Instituto del MIT y Harvard] realizó un estudio con el Instituto Nacional de Medicina Genómica de México para estudiar la genética de la diabetes. Efectivamente, encontraron una variante genética que tiene una frecuencia del 25 % en México que no se ve en las poblaciones europeas, del este de Asia o africanas. Se ve en gran medida solo en las Américas y subraya una gran parte de la disparidad étnica en la diabetes.
No podemos usar la genética con el propósito de tratar de definir las historias que contamos sobre nosotros mismos.
Hemos investigado rasgos aparentemente inocuos como el cabello rubio. No hay fenotipo más llamativo. Algunas personas tienen el pelo rubio y otras no. Y la causa del cabello rubio en Melanesia es completamente diferente de la causa en Europa, y ese es el cabello rubio. Entonces, ¿por qué cree que la diabetes, las enfermedades cardíacas y todos estos otros rasgos complejos tendrán causas idénticas en todos los humanos? No tiene sentido.
Resulta que la prevalencia más alta de asma [en los EE. UU.] se encuentra en personas de ascendencia puertorriqueña, seguidas por personas de ascendencia afroamericana, seguidas por ascendencia europea. Las personas con menor índice de asma son las de ascendencia mexicana. Tienes dos de las poblaciones hispanas en los extremos opuestos del espectro.
¿Por qué es útil para la medicina detallar estas diferencias genéticas?
Si la etiología genética de la enfermedad es diferente, nos brinda la oportunidad de descubrir nuevos objetivos farmacológicos. Nos brinda una nueva biología que luego puede usarse incluso para aquellos que no necesariamente padecen la enfermedad de esa manera. Es importante para el descubrimiento de fármacos. Si piensas que es como buscar petróleo, solo hemos estado buscando petróleo en el Mar del Norte. Hay muchos otros lugares para buscar, y eso beneficia a todos.
En segundo lugar, estamos descubriendo que las puntuaciones de riesgo poligénico [predicciones de riesgo de enfermedad basadas en pruebas genéticas] para la ascendencia europea no se traducen fácilmente en otras poblaciones. Si no tenemos una amplia representación en genética médica y de población, corremos el riesgo de aumentar las disparidades en la salud, lo que será un resultado terrible para la medicina de precisión y la salud de precisión.
Entonces, ¿no está decepcionado por la falta de progreso en la inclusión de más poblaciones en los datos genómicos?
De hecho, estoy súper emocionado. Hemos hecho un gran trabajo buscando objetivos de drogas en Europa. Islandia abrió el camino, Gran Bretaña abrió el camino y ahora Finlandia. Así que estamos aprovechando todos esos recursos, increíble. Pero, ¿y América Latina? ¿Qué pasa con África? ¿Qué pasa con el sur de Asia? Todos esos lugares tienen mucho para contribuir a nuestra comprensión de la salud y la enfermedad.
Es tanto una obligación moral como una oportunidad científica perdida si no vamos a trabajar en esas poblaciones.
Muchos investigadores genéticos han argumentado durante mucho tiempo que la raza no tiene base científica. Pero el debate no parece desaparecer. .
En un contexto global no existe un modelo de tres, cinco o incluso 10 razas humanas. Hay un amplio continuo de variación genética que está estructurado, y hay focos de poblaciones aisladas. Tres, cinco o 10 razas humanas simplemente no es un modelo preciso; es mucho más un modelo continuo.
Los seres humanos son una especie maravillosamente diversa tanto fenotípica como genéticamente. Esta es una genética de poblaciones muy clásica. Si camino desde el Cabo de Hornos hasta la cima de Finlandia, cada pueblo se parece al pueblo de al lado, pero en los extremos la gente es diferente.
¿Pero como genetista de poblaciones?
No encuentro que la raza sea una forma significativa de caracterizar a las personas.
Sin embargo, caminas por una línea difícil, ¿no? Está señalando la importancia de la variación entre diferentes poblaciones, pero no quiere reforzar las viejas categorías de raza.
No podemos usar la genética con el propósito de tratar de definir las historias que contamos sobre nosotros mismos. Los determinantes sociales de la salud suelen ser mucho más importantes que los determinantes genéticos de la salud, pero eso no significa que los determinantes genéticos no sean importantes. Entonces, debe aceptar la complejidad y descubrir cómo traducimos esto a un público general amplio.
En realidad soy un optimista. Creo que el mundo se está convirtiendo en un lugar menos racista. Si hablas con la próxima generación de personas, millennials para abajo, esas ideologías abominables se descartan. Eso significa que nos da un espacio para pensar ahora sobre qué papel juega la genética en la salud y las enfermedades y la evolución humana de manera que podamos entender con seriedad y aplicar en problemas importantes.
No podemos permitir que la política de identidad se apodere de la genética. Si comienzas a permitir que entren la política y otros intereses, simplemente enturbias las aguas. Tienes que dejar que los datos guíen. Tienes que dejar que los resultados guíen. Y el resto seguirá.
Sesgo de datos en estudios de ADN
La medicina de precisión es cada vez más precisa para algunos, pero deja atrás a muchos otros. Y los que quedan atrás son a menudo personas con ascendencia latinoamericana, africana, nativa americana y otras que están subrepresentadas en las bases de datos genómicas.
Con mucho, la mayoría de los datos en los estudios de asociación de todo el genoma, que han sido fundamentales para detectar variantes genéticas vinculadas a enfermedades comunes, provienen de personas con ascendencia europea. En 2011, Carlos D. Bustamante y sus colegas denunciaron las disparidades y la amenaza resultante de que la medicina genómica beneficiará en gran medida a unos pocos privilegiados. En los años siguientes, la recopilación de datos genómicos se disparó, pero las disparidades continúan. En 2016, Alice Popejoy, quien fue estudiante de doctorado en la Universidad de Washington y ahora es posdoctorado en el laboratorio de Bustamante, actualizó los resultados en la revista Naturaleza , encontrando pocos avances para la mayoría de los grupos de población.
Un resultado de esta falta de datos es que las pruebas genéticas pueden ser menos relevantes y precisas para las personas de grupos subrepresentados. Las pruebas genéticas de consumo cada vez más populares pueden ser engañosas o simplemente incorrectas, y las pruebas genéticas médicas para algunas enfermedades comunes a menudo no son concluyentes. Asimismo, dice Popejoy, los falsos positivos y los falsos negativos en los diagnósticos genéticos son más comunes en personas con ascendencia no europea, porque los resultados se interpretan utilizando bases de datos incompletas o sesgadas hacia la ascendencia europea.